关于其思想内容，论者多有夸大之说。如王伟英、杜少平云：“诗人描写了一位才华卓越，节操高洁、隐居待士的志士高人。” 我们通读全诗，就是引经据典，玩弄拆字游戏。其实这也倒符合孔融的作风。如“蛇龙之蛰”句，就是为与“俾也可忘”句合成“虫”字而从《周易》引出，硬说成是写“隐居待士”，未免牵强。有论者往往先给孔融形象定性，然后千方百计地从诗文里寻找证据。这样得出的解释，确实难以令人信服的。叶梦得《石林诗话》：“殆古人好奇之过，欲以文字示其巧也。”胡应麟《诗薮》外编：“孔融离合，鲍照建除，温峤迴文，傅咸集句，无补于时，反为诗病。自兹以将，摹仿实繁，字谜，人名、鸟兽、花木、六朝才子集中不可盛数。诗道之下流，学人之戒也。”这些评价都是符合实际的。
《杂诗》二首以五言的形式写成。关于这二首诗的归属问题尚存疑义。《文选》注引均作李陵诗，《文镜秘府》也云此二诗见于《李陵》集，逯钦立纂《先秦汉魏晋南北朝诗》云：“诗纪此下有杂诗二首，经证知出李陵集。”关于李陵，《文选》载《题苏李赠答诗》七首，以后三首送别诗《良时不再至》、《嘉会难再遇》、《携手上河梁》为李陵所作。刘勰就有不同看法，“至成帝品录，三百余篇，朝章国采，亦云周备，而辞人遗翰，莫见无言，所以李陵、班婕妤见疑于后代也。”（《文心雕龙•明诗》）又郑文云：“苏李旧事，既赖马班之书以广传，南向隐衷，因托苏李之诗而表达。” 从这里我们可以得出这样的信息，第一，苏李的故事流传很广，苏李题材很受欢迎，名以苏李的诗很有可能伪托。第二，托苏、李之名的诗，其内容多写送别和“南向隐衷”。从这两点看来，以《杂诗》二首为李陵所作，可能性不大。
从诗中表现出的思想感情、艺术风格来看，二首诗归于孔融是可信的。《杂诗》其一，“岩岩钟山首，赫赫炎天路。 高明曜云门, 远景灼寒素。 昂昂累世士, 结根在所固。 吕望老匹夫, 苟为因世故。管仲小囚臣，独能建功祚。人生有何常，但患年岁暮。幸托不肖躯，且当猛虎步。安能苦一身，与世同举厝？由不慎小节，庸夫笑我度。吕望尚不希，夷齐何足慕？”
全诗比较明显地体现出诗人的性格特征。“老匹夫”，“小囚臣”这样的称呼，比较切合孔融的个性，如祢衡的“大儿”、“小儿”一样。而对吕望的歧视，体现出孔融自大而自负的特征；对管仲的羡慕，则暗含了孔融的失落。虽然他自负高气，满望建功立业，事实上他却一事无成。但孔融毕竟是孔融。残酷的现实虽然令他备感失落，但胸中意气终不肯消歇。“幸托不肖躯，且当猛虎步。安能苦一身，与世同举措。”表现了诗人坚持自己的政治操守，勇于任事，积极进取，具有建安诗人的共同特征。陈祚明《采菽堂古诗选》云：“《岩岩钟山首》篇，放言浩荡，想见文举丰采，其寄志亦略可窥矣。”
孔融诗中艺术性最强、最具感染力的诗作，当是《杂诗》其二，这是一首悼念幼子夭折的诗。“远送新行客，岁暮乃来归。 入门望爱子,妻妾向人悲。 闻子不可见,日已潜光辉。孤坟在西北，常念君来迟。褰裳上墟丘，但见蒿与薇。白骨归黄泉，肌体乘尘飞。生时不识父，死后知我谁。孤魂游穷暮，飘摇安所依。人生图嗣息，尔死我念追。俯仰内伤心，不觉泪沾衣。人生自有命，但恨生日希。”
首述出远归来，风景凄凉，流光又到了年底，气氛是这样沉重。望儿不得见，只听到妻子呼儿的宛转哭泣声。太阳有情，把它的万丈光辉收藏起来。妻子说：“孩子的孤坟，安葬在西北的方向。我们总是在盼你早些归来，但你还是姗姗来迟。”接着写诗人褰裳上坟，但见墟里蔓草荒烟，荆棘丛生。白骨埋入地下，肌体已化作灰尘。可怜孩子刚刚来到人间，生不识父，死不识父！幼小的孤魂漂泊在茫茫的黑夜，更有什么可依靠呢？最后两句：“人生自有命，但恨生日希。”乐天知命，诗人是懂得这个道理的。可孩子实在太小，还不知道什么叫生就已经死了。如花朵未绽放，便已萎谢。诗人的悲痛，可想而知了。
诗人采用白描的手法，描绘出一幅凄惨的图画。远行回家，妻妾悲鸣。墟里徘徊，人生叹息。按时顺事，历历抒写了丧子的哀痛。岁暮、孤坟、墟丘、蒿薇、白骨、黄泉、孤魂、穷暮。这些如电影镜头里移动的画面，无声无息，却产生追魂摄魄的艺术效果。整首诗文辞凄婉，哀痛其中。所谓“至性、极悲”。 确为孔融之价值较高的优秀的抒情诗。
《六言诗》三首，可视为整体读之。诗中叙写了汉室衰微，董卓专权，郭李纷争，迁都长安等史事。天下动荡，关东堪哀，诗人忧虑。其三：“从洛到许巍巍，曹公忧国无私。减去厨膳甘肥，群僚率从祈祈。”赞美曹操忠心为国，劳苦无私。
《四库全书总目提要》曰：“其《六言诗》之名，见于本传。今所传三章，词多凡近，又皆盛称曹操功德，断以融之生平，可信其义不出此。即使旧本有之，亦必黄初间购求遗文。膺托融作以颂曹操，未可定为真本也。”这里怀疑孔融作的《六言诗》，但并无根据，只是臆断。徐公持云：“有人指此诗为伪，然而并无根据，不过因为后来孔融被杀而作的逆推之词。” 朱嘉徵《乐府广序》：“孔北海六言诗，歌汉家中叶，美魏公也。章昇道云：‘文举平生，讥嘲曹公如小儿耳，六言诗似非真。’余曰：‘非也。《魏书》称曹公初仕汉，约己奉公，谦恭下士，文举亦应俯首。观其《论盛孝章书》可见矣。’”关于孔融和曹操的恩怨，本文前已作详细分析，认为孔融对曹操最初的感情是真实的，孔融作此诗歌是可信的。
《六言诗》三首，反映了汉末动乱的社会现实，也为研究曹操与孔融的关系提供了证据。因此，其思想价值应该高于其文学价值。六言诗体在形式上是一个尝试，但其影响显然也并不大。
《临终诗》作于孔融被杀的建安十三年（208），为孔融之绝笔。“言多令事败，器漏苦不密。河溃蚁孔端， 山坏由猿穴。涓涓江汉流，天窗通冥室。 谗邪害公正，浮云翳白日。 靡辞无忠诚，华繁竟不实。 人有两三心， 安能合为一。 三人成市虎， 浸渍解胶漆。 生存多所虑。 长寝万事毕。”
胡应麟《诗薮》：“《谈艺》云：‘孔融懿名，高列诸子。观《临终》诸诗，大类箴铭语耳。’北海不长于诗，读此全篇可见。”这是从艺术上考察此诗，认为象箴、铭类的语言，全无味道。由此得出“北还不长于诗”的论断。仅就此诗而言，大体不错，但以偏盖全，过于绝断。其《杂诗》二首（尤其其耳）就有特色，较之东汉诗风，毫无逊色。郑文云：“班固《咏史》，张衡《同声》，秦嘉《赠妇》，蔡邕《翠鸟》，赵壹《疾邪》，郦炎《见志》，孔融《杂诗》，辛延年《羽林郎》、宋子侯《董娇娆》，先后有作，各具特色。虽为量不多，题材面小，已为东汉文章增添异彩。” 且其诗文尚有流失。其失题诗如：“归家酒债多，门客粲几行。”“坐中客恒满，樽中酒不空。”是颇清新隽永的。
《临终诗》的思想内容，有两点值得重视。第一，诗中透出的后悔之意。陈祚明《采菽堂古诗选》：“文举虽严正性，而儒者阔疏。既怀忧国之诚，奈何以空言相讼，味起句盖已悔之。”陆时雍《诗镜总论》云：“‘言多令事败，器漏苦不密’，岂其亦有悔心？”的确，诗中透露出孔融的丝丝悔意，证实了孔融后期的个性收缩。人性都有弱点，嵇康临死也曾思悔。过分拔高人物形象反而不是真实的。第二，孔融到死也不明白，是谁要杀害他？为什么要杀害他？并不是“谗邪害公正”，也不是“三人成市虎”，真正要杀害他的是曹操。“谗邪”“三人”都不过是曹操利用的工具而已。曹操为什么终于要杀他？也不是他“言多令事败”，“河溃蚁孔端”，而是他忠于汉室的态度。但这个罪名曹操不能说出来，在他死后也不能。所以找了堂而皇之的借口把他杀了。孔融带着这些没有想清楚的问题，“生存多所虑，长寝万事毕”，他再也不用想了，后来者却不能不想。朱嘉徵《诗集广序》曰：“魏祖雄诈，起手便见。文举至死方悟，何见之晚邪？”读其临终一诗，更叹孔融至死不悟。
