两次炮击金门最为重要的后果就是中共中央对台湾政策的调整和变化，其主要依据在于毛泽东、周恩来等中共中央领导人对美国政策的判断和结论。从1949年中共中央开始准备攻占台湾的军事行动以来，先行占领沿海岛屿被视为是必不可少的关键步骤，因此每一次炮击金门和随之展开的占领浙江沿海岛屿的战役，则是为顺利占领福建沿海岛屿和最终攻占台湾创造条件。第二次台海危机使中共中央领导人得出美国的政策实质和目的是制造“两个中国”
的重要结论，并由此改变了对台湾和沿海岛屿的政策方向，防止国民党从沿海岛屿撤军，强调“一揽子”解决台湾问题。中共中央认为：“金门打炮，把美国调动起来，扩大美蒋矛盾。
美如果迫使蒋介石从金门、马祖撤走，我就再打炮，也许单双日的规定要改变，如发现蒋从金门撤兵，我就打，不让他撤。美国这个办法不会成功。蒋帮对撤退金门、马祖不愿意。停火问题，我们根本不谈，美国无办法。“中共中央通过第二次台海危机还明确判断，美国是脱身政策，让蒋介石的军队从金门、马祖撤走，”拿台湾海峡把我们隔开，隔海而治。蒋介石第一步想把美国拖下水，要美国出兵帮助防卫金门，或参加金门战斗来进攻大陆。第二步是赖着不走。美国怕接触、怕引起战争。我们不让它脱身“。同时，更为重要的是，中共中央认为沿海岛屿的紧张不一定引起战争。美国不会为沿海岛屿打仗，”我们也不会为此和美国开战。我们在金门的策略是防止美国制造‘两个中国’。我们在台湾问题上很主动，我们不急于解放台湾，甚至金门都不急于解放。要解放的话，就一下子都解放“。[3]（p482，487）这个被中共中央领导人视为炮击金门的”第二个成功“，就是用金门把台湾拴住了。
在中共中央领导人看来，因为如果不打金门，杜勒斯就会压蒋介石把金门送还给中国，然后再把台湾、澎湖夺走。“我们这样一炮击金门，台湾、澎湖、金门、马祖就连在一起了。蒋介石也就好说话了。”因此，美国决策者也清楚地认识到中国政策变化的原因。他们认为，中共对“两个中国”的强烈反对，无疑在其停火决定中起到了作用；因为中共认识到自己的“侵略行为”而产生的紧张局势损害了中共的国际声望，并将导致国际上的调停，特别是亚非国家的调停。同时，任何国际调停机构都可能建议“中华民国”保有台湾，或举行可能导致台湾脱离北平控制的公民投票，而这些都是中共不能接受的妥协方案。[5]（p538-542，信捷职称论文写作发表网，548）
通过两次炮击金门，中共中央领导人无疑意识到，在当时的国际环境下，台湾问题的解决只能通过谈判的途径和平解决。这是中共中央领导人对如何解决台湾问题在认识上的一个质的转变，也是两次台海危机所产生的最为重要的后果之一。1959年10月，毛泽东在同苏联驻华临时代办安东诺夫谈话时指出：在台湾问题上，中国可以考虑借鉴苏联的经验；苏联在22年中没有对波罗的海三国采取军事行动，但它们最后还是回到了苏联的版图之内（注：1959年10月毛泽东同苏联驻华临时代办安东诺夫的谈话，引自安东诺夫日记。安东诺夫日记收藏于TsKhSD（Storage Center for Contemporary Documents of Russia ），f.5，op.49，d.235，1.89-96，see"Soviet Foreign Policy during the Cold War ：A DocumentarySampler"，Cold War International History Project Bulletin ，Issue 3，Fall 1993（Washington，D.C.：Woodrow Wilson International Center For Scholars）。）。中共中央领导人显然意识到解决台湾问题的长期性、复杂性和艰巨性，因为“就美国说，这是一个国际问题，国际问题只能用和平道路解决，不能用武力解决……我们要求美军撤出台湾，他们不干，我们只能等。他们要多少时间撤出，我们就等多少时间。我们不会首先同美国打起来的”（注：1959年10月5日毛泽东同拉丁美洲十七国共产党代表团的谈话。参见《毛泽东外交文选》，第382页。）。1959年10月2日，毛泽东同赫鲁晓夫会谈时强调：“我们在金门打了炮，实际上并不是战争。我们并不想一下子把台湾等地拿下来，可以把它们放在蒋介石手里，十年，二十年，三十年，都没有关系。金门、马祖可以不拿下来，并不想为此而打仗。”（注：1959年10月2日毛泽东同赫鲁晓夫的谈话。参见《毛泽东外交文选》，第380-381页。）
在这种变化了的政策的指导下，中共中央领导人相信，台湾问题不可能孤立地解决，肯定是要跟着国际形势的变化，随着国际问题的解决而解决。中美的问题是国际问题，中美要和平谈判，不要武装斗争。“但是美军就在台湾海峡，你要武装解放台湾，当然要碰到他。
如果他的军队不退，那我们就没有法子用武装去解决。美国是要拿金门、马祖来换台湾、澎湖，我们是要台、澎、金、马合在一起，要解决都解决，要不解决都不解决。我们在军事上不能孤独地去设想台湾，应该整个地作一个战略的布置，设想如果战争起来，我们怎么办？
如果不起来搁在那个地方，放它十年二十年，有什么关系呀？所以军事上要想更大的问题，想远一点，才能解决台湾问题。“因此，”我们愿意同美国坐下来谈，我们愿意用和平方式解决中美两国在台湾海峡的争端。我们在国际活动中，一切都是为的争取能够有十年或二十年的和平环境，有利于我们加快社会主义建设，这一点是我们努力的方向“。[13]（p514-515，507）
因此在第二次台海危机之后，中共中央领导人一再向国际社会传递中国政策变化的信息。
1960年5月25日和26日，周恩来同来访的英国陆军元帅蒙哥马利会谈时强调：“我们一向主张同美国坐下来谈判，不用武力或武力威胁来解决两国之间的争端。改善中美关系的先决条件是：一、美国承认台湾是中国的一部分。二、美军撤出台湾和台湾海峡。有了这两个原则，可以一方面同蒋介石谈判如何使台湾回到祖国，另一方面同美国谈判如何撤军的问题。如果美国把军队从台湾和台湾海峡撤走，我们就没有理由使用武力。我们力争和平解放台湾，这是我们努力的方向。如果台湾不干，并且使用武力，那么我们就只好用武力解决。”同年8月和10月周恩来同斯诺的几次会谈中，除重申上述原则外，他甚至还表示，至于美国武装力量什么时候撤以及如何撤的具体步骤是下一步讨论的事。只要美国政府不采取侵略中国的政策和不以武力相威胁，就必然会得出这个合乎逻辑的结论。美国如不放弃侵略政策，不放弃战争威胁，问题就不能得到解决（注：1960年5月25日和26日周恩来同蒙哥马利的谈话，以及1960年8月30日和10月18日周恩来同斯诺的谈话。参见《周恩来军事活动纪事》编写组：《周恩来军事活动纪事》，下卷，第527-529、536、541页。）。
两次炮击金门使中共中央领导人更加相信核武器对国家安全和大国地位的重要性，更加相信国家的实力地位对推行外交和国家安全战略的重要意义。1958年11月，毛泽东在郑州会议上谈炮击金门时承认：“我们现在手里只有手榴弹，没有原子弹，跟一个有原子弹的敌人开战，不是好办法。因此在炮打金马过程中，我们的方针是小心谨慎。美国军舰护航，我们不打美国军舰，专打蒋介石的军舰。我们是打我们自己国内的人。美国人也很小心谨慎，也是采取这样的方针，不触犯我们。”（注：1958年11月毛泽东在郑州会议上的讲话。参见吴冷西：《十年论战——1956-1966年中苏关系回忆录》，上卷，
